含氮化合物在水體中的轉化可分為三個(gè)階段：第一階段為含氮有機物在水體中逐漸被微生物分解成較簡(jiǎn)單的化合物，后生成無(wú)機氨氮，稱(chēng)為氨化過(guò)程；第二階段是氨氮在有氧的條件下，轉化為亞硝酸鹽與硝酸鹽，稱(chēng)為硝化過(guò)程；第三階段是亞硝酸鹽與硝酸鹽在低氧或無(wú)氧條件下，被反硝化菌還原轉化為氮氣，稱(chēng)為反硝化過(guò)程。氨化可以在有氧或無(wú)氧條件下進(jìn)行，硝化則只可以在有氧條件下進(jìn)行。如果水體缺氧，則硝化反應不能進(jìn)行。
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